Peppol neprijíma ľubovoľné dokumenty vo formátoch UBL, XML ani proprietárne dokumenty. Správa sa môže odoslať iba vtedy, ak sú zaregistrované jej presný typ dokumentu a identifikátory procesu a ak príjemca zverejnil podporu pre túto funkciu.

Väčšina obchodných výmen využíva príslušnú špecifikáciu Peppol BIS alebo Peppol PINT. Poskytovateľ služieb môže previesť iný zdrojový formát na podporovaný dokument Peppol, avšak pri tejto konverzii sa musí zachovať požadovaný obchodný význam a výsledný dokument musí spĺňať príslušné validačné pravidlá.

Využitie systému Peppol môže prispieť k dodržiavaniu právnych predpisov, avšak samotný prenos cez sieť ešte nezaručuje, že dokument spĺňa zákonné požiadavky. Odosielateľ, príjemca aj poskytovateľ služby musia tiež dodržiavať pravidlá, ktoré sa vzťahujú na danú transakciu a príslušnú jurisdikciu.