Peppol nepřijímá libovolné dokumenty ve formátech UBL, XML ani proprietárních formátech. Zpráva může být odeslána pouze v případě, že jsou zaregistrovány přesné identifikátory typu dokumentu a procesu a příjemce zveřejnil, že tuto funkci podporuje.

Většina obchodních výměn využívá příslušnou specifikaci Peppol BIS nebo Peppol PINT. Poskytovatel služeb může převést jiný zdrojový formát do podporovaného dokumentu Peppol, avšak při převodu musí být zachován požadovaný obchodní význam a výsledný dokument musí splňovat příslušná validační pravidla.

Využití systému Peppol může přispět k dodržování předpisů, avšak samotný přenos po síti ještě neznamená, že je dokument v souladu s právními předpisy. Odesílatel, příjemce i poskytovatel služeb musí rovněž dodržovat pravidla platná pro danou transakci a příslušnou jurisdikci.