Peppol n'accepte pas les documents UBL, XML ou propriétaires arbitraires. Un message ne peut être échangé que si son type de document et ses identifiants de processus exacts sont enregistrés et si le destinataire a indiqué prendre en charge cette fonctionnalité.

La plupart des échanges commerciaux utilisent une spécification Peppol BIS ou Peppol PINT applicable. Un prestataire de services peut convertir un autre format source en un document Peppol pris en charge, mais la conversion doit préserver la signification commerciale requise et le document résultant doit respecter les règles de validation applicables.

L'utilisation de Peppol peut faciliter la mise en conformité réglementaire, mais la simple transmission par réseau ne suffit pas à rendre un document conforme à la loi. L'expéditeur, le destinataire et le prestataire de services doivent également respecter les règles applicables à la transaction et à la juridiction concernée.