Peppol accepterer ikke vilkårlige UBL-, XML- eller proprietære dokumenter. En besked kan kun udveksles, hvis dens nøjagtige dokumenttype og procesidentifikatorer er registreret, og modtageren har offentliggjort, at vedkommende understøtter denne funktion.

De fleste forretningsudvekslinger anvender en relevant Peppol BIS- eller Peppol PINT-specifikation. En tjenesteudbyder kan konvertere et andet kildeformat til et understøttet Peppol-dokument, men konverteringen skal bevare den krævede forretningsmæssige betydning, og det resulterende dokument skal opfylde de gældende valideringsregler.

Brug af Peppol kan bidrage til at sikre overholdelse af lovgivningen, men selve overførslen via netværket gør ikke i sig selv et dokument lovmæssigt gyldigt. Afsenderen, modtageren og tjenesteudbyderen skal også overholde de regler, der gælder for transaktionen og den pågældende jurisdiktion.