Peppol ei hyväksy mielivaltaisia UBL-, XML- tai omia tiedostomuotoja. Viestiä voidaan vaihtaa vain, jos sen tarkka tiedostotyyppi ja prosessitunnisteet on rekisteröity ja vastaanottaja on ilmoittanut tukevansa kyseistä ominaisuutta.

Suurin osa liiketoimintatiedonvaihdosta perustuu sovellettavaan Peppol BIS- tai Peppol PINT -määritykseen. Palveluntarjoaja voi muuntaa toisen lähdemuodon tuetuksi Peppol-asiakirjaksi, mutta muunnoksessa on säilytettävä vaadittu liiketoiminnallinen merkitys, ja tuloksena olevan asiakirjan on täytettävä sovellettavat validointisäännöt.

Peppolin käyttö voi auttaa noudattamaan säännöksiä, mutta pelkkä verkkolähetys ei vielä tee asiakirjasta säännösten mukaista. Lähettäjän, vastaanottajan ja palveluntarjoajan on myös noudatettava kyseiseen tapahtumaan ja lainkäyttöalueeseen sovellettavia sääntöjä.