Peppol godtar ikke vilkårlige UBL-, XML- eller proprietære dokumenter. En melding kan bare utveksles når den nøyaktige dokumenttypen og prosessidentifikatorene er registrert, og mottakeren har publisert støtte for den funksjonaliteten.

De fleste forretningsbørser bruker en gjeldende Peppol BIS- eller Peppol PINT-spesifikasjon. En tjenesteleverandør kan konvertere et annet kildeformat til et støttet Peppol-dokument, men konverteringen må bevare den nødvendige forretningsmessige betydningen, og det resulterende dokumentet må bestå de gjeldende valideringsreglene.

Bruk av Peppol kan støtte samsvar med regelverket, men nettverksoverføring alene gjør ikke et dokument juridisk kompatibelt. Avsender, mottaker og tjenesteleverandør må også oppfylle reglene som gjelder for transaksjonen og jurisdiksjonen.