Peppol accepterar inte godtyckliga UBL-, XML- eller proprietära dokument. Ett meddelande kan utbytas endast om dess exakta dokumenttyps- och process-ID är registrerade och mottagaren har publicerat stöd för kapabiliteten.

De flesta utbyten använder en tillämplig Peppol BIS- eller Peppol PINT-specifikation. En tjänsteleverantör kan konvertera ett annat källformat till ett dokument som stöds i Peppol, men konverteringen måste bevara affärsinnehållet och resultatet måste klara valideringsreglerna.

Överföring via Peppol kan stödja regelefterlevnad, men gör inte i sig dokumentet juridiskt korrekt. Avsändare, mottagare och tjänsteleverantör måste även följa reglerna som gäller för transaktionen och jurisdiktionen.