Ja, Peppol understøtter selvfakturering. Ifølge Peppol BIS 3.0-specifikationerne er selvfakturering tilladt inden for Peppol-rammen, forudsat at faktureringsprocessen overholder de regler og begrænsninger, der er beskrevet i den europæiske standard EN 16931. Ved selvfakturering er det køberen og ikke leverandøren, der udsteder fakturaen, og denne proces kan understøttes af Peppols infrastruktur til elektronisk dokumentudveksling.
For flere detaljer, se den officielle Peppol-dokumentation her.