Peppol BIS Billing 3 är den huvudsakliga specifikationen för e-fakturering i Peppol-nätverket. Den stöder både UBL-fakturor och UBL-kreditnotor. En negativ faktura använder dokumenttypen Invoice med negativa kvantiteter och belopp, medan en kreditnota använder dokumenttypen CreditNote. Det är två olika sätt att korrigera eller reversera en tidigare transaktion.

Peppol BIS Billing är en Core Invoice Usage Specification (CIUS) av EN 16931 och använder OASIS UBL 2.1 med Peppols valideringsregler.

E-fakturor i Peppol ska innehålla köparreferens eller referens till inköpsorder. Se den officiella dokumentationen för Peppol BIS Billing 3.